Według legendy o początkach Krotoszyna miał on powstać z połączenia się dwóch osad, jedna z nich należała do rycerza Krota, a druga do jego syna i tak z połączenia tych dwóch osad powstał Krotoszyn. Pierwsza znana historykom wzmianka o wsi Crothoszino pochodzi z 1405 roku. Była to znaczna wioska leżąca na terenie dzisiejszej ulicy Koźmińskiej. Posiadała własny kościół pw. św. Marii Magdaleny.
Żyjący na przełomie XIV i XV wieku Wierzbięta z Krotoszyna był bogatym i poważanym rycerzem. W rękach jego rodziny znajdowały się Kobylin, Targoszyce, Oraczewice, Banów oraz Krotoszyn. Pochodził z możnego i wpływowego w Wielkopolsce rodu Łodziów. To oni byli właścicielami wielu ważnych miejscowości na ziemiach wielkopolskich, m.in. Gostynia, Kórnika, i Miejskiej Górki. Wśród krewnych Wierzbięty znajdujemy wielu biskupów, mieczników poznańskich, oraz kasztelanów gnieźnieńskich. Bardzo prawdopodobnym jest fakt, że Wierzbięta brał udział w wielkiej wojnie z Zakonem Krzyżackim, oraz że walczył w bitwie pod Grunwaldem za co król Władysław Jagiełło nadał mu przywilej lokacyjny zezwalający na założenia miasta. W 1415 roku Wierzbięta lokuje miasto Krotoszyn na prawie niemieckim (magdeburskim). Cztery lata później buduje drewniany kościół św. Piotra i Pawła, a przy nim zakłada pierwszą szkółkę parafialną. Świątynia ta będąca centrum wiary i rozwoju kulturalnego Krotoszyna służyła ludziom do 1767 roku, wtedy to świątynię rozebrano a na jej miejscu Hetmanowa Ludwika z Mniszków Potocka wzniosła obecny kościół św. Ap. Piotra i Pawła. Świątynie konsekrowano w 1775 roku, a jego gospodarzami byli oo. Trynitarze sprowadzeni do Krotoszyna w 1731 roku. Kościół oraz tętniący życiem klasztor stał się ogniskiem życia religijnego i promieniował przez lata wielkimi dziełami miłosierdzia. W 1819 roku Prusacy zlikwidowali klasztor i odtąd w kościele prowadzone było duszpasterstwo młodzieży szkół średnich. Nasza świątynia przez długie lata była także kościołem garnizonowym 56 Pułku Piechoty Wielkopolskiej.
Kościół zbudowany został wg. projektu Karola Frantza i stanowi cenny zabytek północnego baroku i jest naszą chlubą wśród architektury miasta Krotoszyna. Zaokrąglone prezbiterium skośnie ustawione ołtarze boczne, wygięta linia chóru nadają świątyni kształt owalny. Nad jednonawowym wnętrzem rozpościera się żaglowe sklepienie. Płaszczyzny ścian są urozmaicone; wyrastają z nich pilastry graniastosłupowe filary oraz półkolumny z głowicami w porządku korynckim. Trzony słupów i pilastrów są ozdobione ornamentami roślinnymi w stylu rokokowym. W głównym ołtarzu znajduje się obraz Jezusa Ecce Homo czczony przez Trynitarzy, którzy opiekowali się jeńcami, niewolnikami i więźniami. W prezbiterium znajdujemy herby Potockich i Mniszków, oraz tablice upamiętniającą konsekracje świątyni. Z bocznego ołtarza nad miastem i parafią czuwa Matka Boża – Krotoszyńska Pani. Obraz ten pochodzi z pierwotnej Fary. Po przeciwnej stronie ołtarza Krotoszyńskiej Pani znajduje się ołtarz Chrystusa ukrzyżowanego. Krzyż Zbawiciela umieszczony jest na tle Jerozolimy i Golgoty. Pod rzeźbą ukrzyżowanego znajduje się obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Po prawej stronie, bliżej wieży znajduje się ołtarz Świętej Róży, tercjarki dominikańskiej, dziewicy i pierwszej świętej Kościoła katolickiego pochodzącej z Ameryki. Nad obrazem umieszczony jest medalion Św. Kajetana – założyciela zakonu teatynów – kleryków regularnych. Po przeciwnej stronie odnajdujemy ołtarz Św. Tekli – dziewicy i męczennicy pochodzącej z Ikonium. Żyła ona w I wieku była uczennicą Św. Pawła i przez niego została ochrzczona. Nad jej obrazem znajduje się medalion Św. Łucjana – Świętego trynitarza. Ołtarz zdobi także figura Świętego Antoniego. Po prawej stronie ołtarza głównego znajduje się kaplica, a w niej obraz Pana Jezusa Miłosiernego przy słupie, ufundowany przez krotoszynianina, pana Jana Lesińskiego.Wielkim skarbem naszej świątyni jest ambona w kształcie Łodzi – symbol apostolskiej gorliwości naszych świętych patronów. W centrum sklepienia odnajdujemy obraz Trójcy Przenajświętszej. Świątynia nasza swoim wystrojem przypomina o pierwszych gospodarzach tego miejsca oo. Trynitarzach. Są to obrazy świętych pochodzących z zakonu Świętej Trójcy, feretron z wizerunkiem Jezusa Nazareńskiego oraz symboliczny potrójny gzyms obiegający górną część świątyni. Nad świątynią i miastem wznosi się dostojna wieża, którą wieńczy barokowy hełm.
W 1925 roku została przy kościele erygowana parafia, choć dopiero w 1966 otrzymała własnego proboszcza. W roku 1978 parafia nabyła na własność dom przy ulicy Klasztornej 3, który do dziś służy jako probostwo. W 1984 roku dokonano kapitalnego remontu wnętrza świątyni. W 1989 roku Abp. Jerzy Stroba poświęcił nowo wybudowany dom parafialny przy ulicy Słodowej. Na przełomie lat 1998 – 1999 dokonano kapitalnego remontu wieży kościoła. W 1999 roku odnowiono wnętrze kościoła przygotowując się do Wielkiego Jubileuszu, którego pamiątką jest krzyż postawiony w 2000 roku. W 2002 roku dokonano remontu elewacji naszego kościoła.
Proboszczowie Parafii św. Ap. Piotra i Pawła:
1966-1967 ks. dr Czesław Olejniczak
1968-1980 ks. dziekan Alojzy Sławski
1980-2009 ks. prałat Leon Spaleniak
2009 - 2019 ks. kanonik Dariusz Kowalek
2019 - 2021 ks. kan. mgr lic. Grzegorz Jóźwicki
2021 - ks. kan. Grzegorz Kamzol
Wikariusze Parafii św. Ap. Piotra i Pawła od początku jej istnienia:
ks. Jan Matysiak
ks. Jerzy Krzyżaniak
ks. Jerzy Żurawski
ks. Bogdan Augustyniak
ks. Józef Wasiak
ks. Wojciech Branicki
ks. Stanisław Wieszczeciński
ks. Ludwik Maćkowiak
ks. Czesław Smardz
ks. Ludwik Mikołajczyk
ks. Jan Grzemski
ks. Zygmunt Stachowski
ks. Stefan Czarnecki
ks. Tomasz Ilski
ks. Stanisław Koza
ks. Jan Reszelewski
ks. Stanisław Duda
ks. Ryszard Fabisz
ks. Henryk Jędrzejak
ks. Józef Kamzol
ks. Krzysztof Woźny
ks. Roman Nawrocki
ks. Andrzej Stefański
ks. Bronisław Chorzępa
ks. Jarosław Materliński
ks. Mariusz Roszewski
ks. Krzysztof Bednarz
ks. Adam Sośnicki
ks. Dariusz Kowalek
ks. Arkadiusz Wawrzyniak
ks. Józef Wachowiak
ks. Adam Gmerek
ks. Bogdan Tyc
ks. Przemysław Hęciak
ks. Maciej Chlasta
ks. Krzysztof Śliczny
ks. Adam Marczyński
ks. Roland Kraska
ks. Krzysztof Raj
ks. Krzysztof Wojtynia
ks. Artur Kułton
ks. Piotr Marciniszyn
ks. Łukasz Kocaj
ks. Sebastian Taczka
ks. Tomasz Jakubowski
Z parafii pochodzą:
ks. Janusz Sobczak
ks. Antoni Chlebowski
ks. Stanisław Tokarski
ks. Marian Ostach
ks. Tadeusz Murawski
ks. Zdzisław Nagler
o. Tadeusz Panek SVD
ks. Remigiusz Kobusiński
ks. Paweł Minta
ks. Piotr Namysł
o. Wojciech Minta SVD
ks. Zbigniew Minta TChr
ks. Rafał Mielcarek
ks. Mirosław Maliński
ks. Andrzej Szulc
ks. Dariusz Kuliński
ks. Dominik Wieczorek
ks. Jakub Rachwalski
Do zgromadzeń żeńskich i stowarzyszeń wstąpiły:
Do Zgromadzenia Sióstr Najświętszej Rodziny z Nazaretu:
s. Christella Murawska
Do Wspólnoty Sióstr Uczennic Krzyża:
s. Beata Maria Garbarek
s. Beata Letycja Domagalska
s. Estera Dawida Durczyńska
Do Katolickiego Stowarzyszenia w Służbie Nowej Ewangelizacji „Koinonia Św. Pawła”:
s. Aldona Godlewska
Terytorium Parafii św. Ap. Piotra i Pawła:
Ulice i Osiedla należące do Parafii Świętych Apostołów Piotra i Pawła:
Benicka,
Chełmońskiego,
Chopina (od 1 do ul. Spokojnej),
Dworcowa 2 i 4,
Fabryczna,
Floriańska,
Grudzielskiego (od 1 do ul. Spokojnej,
Jagiełły,
Klasztorna,
Klemczaka 2 i 4, Kobylińska (od 6 do 91),
Konstytucji 3 Maja,
Kossaka,
Koźmińska (1-55 numery nieparzyste),
Krotoskiego,
Mały Rynek,
Matejki,
Masłowskiego,
Mickiewicza,
Moniuszki,
Osadnicza (od nr 1 do ul. Spokojnej),
Piastowska (25-38)
Plac Jana Pawła II,
Podgórna,
Poprzeczna,
Rozdrażewskich,
Rynek (1-19) ,
Rynkowa,
Słodowa,
Słoneczna,
Słonecznikowa,
Spokojna,
23 Stycznia (numery parzyste),
Osiedle Sikorskiego,
Osiedle Szarych Szeregów,
Osiedle Zielone Ogrody,
Wita Stwosza,
Wojciechowskiego od 1 do ul. Spokojnej,
Woskowa,
Wyspiańskiego,
Zdunowska (2-38 numery parzyste).